Berdasarkan Peraturan Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan Nomor 8 Tahun 2020 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan, Struktur Organisasi Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan terdiri atas :
Kepala Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan
Sekretaris Utama Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan
Deputi Bidang Sarana Dan Prasarana, Dan Sistem Komunikasi Pencarian Dan Pertolongan
Deputi Bidang Operasi Pencarian Dan Pertolongan Dan Kesiapsiagaan
Kepala Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan mempunyai tugas memimpin dan bertanggung jawab atas pelaksanaan tugas dan fungsi Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan.
Sekretariat Utama adalah unsur pembantu pimpinan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan.
Sekretariat Utama dipimpin oleh Sekretaris Utama yang terdiri atas 3 (tiga) biro yaitu Biro Umum, Biro Perencanaan , serta Biro Hukum dan Kepegawaian.
Kedeputian Bidang Sarana dan Prasarana, dan Sistem Komunikasi Pencarian dan Pertolongan adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan di bidang sarana dan prasarana dan sistem komunikasi yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan. Deputi Bidang Sarana dan Prasarana, dan Sistem Komunikasi Pencarian dan Pertolongan dipimpin oleh deputi yang terdiri atas 2 (dua) direktorat yaitu Direktorat Sarana dan Prasarana dan Direktorat Sistem Komunikasi.
Kedeputian Bidang Operasi Pencarian dan Pertolongan, Dan Kesiapsiagaan adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan di bidang operasi pencarian dan pertolongan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan. Deputi Bidang Operasi Pencarian dan Pertolongan, Dan Kesiapsiagaan dipimpin oleh deputi yang terdiri atas 2 (dua) direktorat yaitu Direktorat Operasi dan Direktorat Kesiapsiagaan.
Kedeputian Bidang Tenaga dan Potensi Pencarian dan Pertolongan adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan di bidang tenaga dan potensi pencarian dan pertolongan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan. Bidang Tenaga dan Potensi Pencarian dan Pertolongan dipimpin oleh deputi yang terdiri atas 2 (dua) direktorat yaitu Direktorat Bina Tenaga dan Direktorat Bina Potensi.
Pusat Data dan Informasi adalah unsur penunjang Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan melalui Sekretaris Utama. Pusat Data dan Informasi dipimpin oleh Kepala. Pusat Data dan Informasi mempunyai tugas melaksanakan pelayanan data dan informasi serta pengembangan sistem informasi.
Inspektorat adalah unsur pengawasan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan melalui Sekretaris Utama. Inspektorat dipimpin oleh Inspektur.